Herman Bavinck nacque il 13 dicembre 1854 a Hoogeveen. Crebbe allattandosi al seno di quel movimento di protesta conosciuto col nome di Afscheiding (Secessione), di cui suo padre era un influente rappresentante.

Dopo aver completato gli studi al Gymnsyum di Zwolle, Herman studiò al seminario teologico della Christelijke Gereformeerde Kerk a Kampen. Nel settembre 1874 cominciò un corso di studi all’Università statale di Leida, per confrontarsi più direttamene con la teologia critica e liberale e con la filosofia moderna. Già prima di portare a termine il suo dottorato a Leida, fu offerta a Bavinck una cattedra alla Libera Università di Amsterdam, ma egli declinò l’offerta e preferì dedicarsi all’edificazione della propria denominazione “secessionista”. Così divenne pastore a Fraeneker all’inizio del 1881 e nell’agosto del 1882 si trasferì a Kampen per cominciare la sua carriera didattica al seminario della Christelijke Gereformeerde Kerk.

Nel 1902 Bavinck accettò l’incarico di professore di teologia sistematica presso la Libera Università di Amsterdam succedendo ad Abraham Kuyper, il quale era stato eletto Primo Ministro del governo olandese. Occupò questo incarico fino alla sua morte nel 1921.